„Die Menge der erstellten Informationen, welche als Grundlage der wissenschaftlichen Arbeit der Forscher dient, ist in den letzten zwei Jahrzehnten stark angestiegen. Heute besteht die Herausforderung nicht in der Erstellung der Daten, sondern in der Erforschung und dem Treffen konkreter Aussagen. Wir sind davon überzeugt, dass unser Analysewerkzeug, genannt „EaSeq“, den Forschern dabei helfen kann“, sagt Professor Klaus Hansen.
ChIP-Sequenzierung – Einblick in den Arbeitsablauf menschlicher Zellen
„Die EaSeq-Software wurde zur Analyse der sogenannten ChIP-Sequenzierung entwickelt. DNA-Sequenzierung wird genutzt, um die Sequenzen unserer Basenpaare, aus welchen unsere DNA besteht, abzubilden. Die ChIP-Sequenzierung ist ein daraus abgeleitetes Verfahren, bei dem die Sequenzen genutzt werden, um die Anwesenheit verschiedener Zellkomponenten im Genom zu einem bestimmten Zeitpunkt darzustellen.
Einfach ausgedrückt, kann ChIP-Sequenzierung mit einem Mikroskop verglichen werden, welches es uns ermöglicht, zu jeder Zeit die Anwesenheit verschiedener Zellkomponenten im Genom zu beobachten. Das Verfahren ist noch recht jung und beinhaltet das Potenzial auch in anderen Bereichen eingesetzt zu werden, die aus dem Verständnis, wie gesunde Zellen Gene nutzen und kontrollieren, profitieren können“, erklärt Professor Mads Lerdrup.
Bessere Analysewerkzeuge bedeuten ein vielfältigeres Angebot an Anwendungen
Während ChIP-Sequenzierung es möglich gemacht hat, sehr schnell enorme Datenmengen zu produzieren, war die Analyse dieser Daten bis jetzt ein langwieriger Prozess. Ein Großteil der genutzten Analysesoftware erforderte Programmierkenntnisse, weshalb Forscher auf Spezialisten angewiesen waren, um ihre Daten zu dekodieren und zu analysieren.
EaSeq bietet eine visuellere, intuitivere Alternative, die es den biomedizinischen Forschern ermöglicht, ihre Hypothesen mit den eigenen Daten zu studieren und zu testen. Dies bedeutet, statt wochenlang auf eine Analyse des Spezialisten zu warten, haben die Forscher die Möglichkeit, ihre Analysen selbst in wenigen Stunden durchzuführen.
Die DNA-Sequenzierung gewinnt im klinischen Bereich immer mehr an Bedeutung, zum Beispiel bei Diagnose und Erstellung des Behandlungsplans für Krebspatienten. Die Entwickler von EaSeq sehen ähnliche Perspektiven im Bereich der klinischen Arbeit.
„Die DNA-Sequenz selbst gibt uns nur wenig Auskunft darüber, wie Zellen die DNA decodieren. Um das zu verstehen, müssen wir kartieren, welche Zellkomponenten in verschiedenen Teilen des Genoms zu bestimmten Zeiten vorhanden sind. Es ist unsere Hoffnung, dass wir durch die Erhöhung der Durchführbarkeit den Forschern ermöglichen, solch ein Wissen schneller aufzudecken und es im klinischen Bereich anzuwenden“, erläutert Professor Mads Lerdrup.
Das Forschungsprojekt wurde durch die Danish National Research Foundation finanziert, die Ergebnisse wurden im Fachjournal Nature Structural & Molecular Biology veröffentlicht.
Quelle: Universität Kopenhagen
